L'ancien nom latin de Moussy était Moussiacum (autre écriture : Mouciacum).
La terminaison –acum (d'origine gauloise, ou gallo-romaine) devenant presque partout Y au moyen-âge, le nom du village est devenu Moussy.

Le village a changé de nombreuses fois de nom au gré des changements de seigneur :
  • Moussy-le-Perreux de 1205 à 1524,
  • Moussy-le-Bergerot ou Moussy-Barjot,
  • Moussy-Duquesnoy par lettres patentes du 2 juin 1740 à la demande de Pierre-Louis Casimir Duquesnoy de Vaulouis, receveur général des finances de la généralité de Montauban et alors seigneur du lieu,
La commune a subi de graves endommagements par les bombardements durant la seconde guerre mondiale.